После победоносного окончания Великой Отечественной войны перед советским народом встала важнейшая задача — в кратчайший срок восстановить народное хозяйство.
Медицинские и аптечные работники прилагали все силы к тому, чтобы быстрее восстановить разрушенные медико-санитарные и аптечные учреждения. Уже к концу 1946 г. количество аптек превысило наличие их в 1940 г. Однако многие аптеки были открыты в неприспособленных помещениях, не хватало инвентаря и оборудования. Ощущалась нехватка фармацевтических кадров.
Для успешного решения этих задач требовалось укрепить руководство аптечной службой страны, ввести централизованное распределение медикаментов и медицинских изделий. Для этого в 1945 г. в составе Министерства здравоохранения вместо Аптечной инспекции было организовано Главное аптечное управление.
Большая работа проводилась в 1946—1950 гг. по восстановлению и развитию медицинской промышленности. Для ускоренного развития производства лекарственных средств и медицинских изделий была осуществлена реорганизация руководства медицинской промышленностью. В июне 1946 г. организовано Министерство медицинской промышленности, которое объединило промышленные предприятия и научно-исследовательские учреждения медицинской промышленности союзного и республиканского подчинения. В состав этого министерства вошло около 100 предприятий и 9 научно-исследовательских институтов и лабораторий.
Рост выпуска продукции в 1946—1950 гг. определялся в основном не строительством новых химико-фармацевтических заводов (появились только заводы антибиотиков), а реконструкцией и расширением действующих. Пятилетний план развития химико-фармацевтической промышленности был перевыполнен. За эти годы организовано производство таких новых медикаментов, как синтомицин, дибазол, дифенин и т. д. (всего более 170 наименований). Производство ампулированных лекарств возросло в 6 раз. Общее производство медикаментов и других медицинских изделий в 1950 г. по сравнению с 1940 г. повысилось в 2,2 раза. Успехи химико-фармацевтической промышленности способствовали лучшему снабжению аптечной системы медикаментами.
Благодаря большой организаторской работе аптечных управлений, самоотверженному труду аптечных работников, рациональному использованию выделенных ассигнований аптечная служба страны к 1950 г. значительно окрепла. За 5 лет было открыто 2900 аптек, 250 специализированных магазинов, свыше 41000 аптечных пунктов, в аптечные учреждения прибыли 22000 молодых специалистов с высшим и средним фармацевтическим образованием.